使用基因分型定序鑑定 Cinnamomum kanehirae Hayata 和 C. Camphora (L.) Presl 之間的雜交和基因滲入

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圖 1

InDel,…的凝膠電泳

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InDel、ZS_CK InDel_1（粒線體DNA）( A,B )、JLH2_CK…的凝膠電泳

圖1 InDel、ZS_CK InDel_1（粒線體DNA）（A,B）、JLH2_CK InDel_4（共顯性）（C–F）凝膠電泳）和 ZS_CK InDel_2（葉綠體 DNA）(G)。 M：100 bp DNA 梯子。 (A) 泳道 1-14：雜種，泳道 15-16：香樟。 (B) 泳道 1-8：C. kanehirae，泳道 9-15：C. Camphora，泳道 16：雜交種。 (C) 泳道 1-12：雜種，泳道 13 和 14：C. kanehirae，泳道 15 和 16：C. Camphora。 (D) 泳道 1-8：C. kanehirae，泳道 10-24：C. Camphora。 (E) 泳道 1：C. kanehirae，泳道 2-14：雜種，泳道 15 和 16：C. Camphora。 (F) 泳道 1：C. kanehirae，泳道 2-14：雜種，泳道 15 和 16：C. Camphora。 (G) 泳道 1-8：C. kanehirae，泳道 9-16：ESW C. Camphora。泳道 17-24：西北樟腦。所使用的樣本列於線上補充表 S5 中。

圖2

鄰接樹基於808 …

圖2

基於808 SNP的鄰接樹。顯示了 1000 個重複的 Bootstrap 值...

圖 2 基於 808 個 SNP 的鄰接樹。 1000 個重複的引導值顯示在節點上。樹枝上的顏色是按簇著色的。 C. kanehirae 為紅色，假定的雜交種為橘色，C. Camphora 為綠色。

圖3

主座標分析(基於PCoA）…

圖3

基於C的Nei成對遺傳距離的主座標分析（PCoA）…

圖3 基於主座標分析（PCoA） C . kanehirae、C. Camphora 及其雜種（75 個樣本）的Nei 成對遺傳距離。每個橢圓內的彩色符號如圖例所示。範例如線上補充表 S4 所示。

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辨識與分類雜交種。結構結果顯示基因組的比例...

圖 4 雜交種的鑑定與分類。 STRUCTURE 結果顯示源自每個推斷簇的每個個體的基因組比例 (K = 2)；紅色是簇 1 (C. kanehirae)，綠色是簇 2 (C. Camphora)；雜交種混合了紅色和綠色。 K = 3的結構，將綠色簇的23份材料分為藍色簇。所有 ESW 樟樹在綠色簇中都具有高 Q 值。 K = 4的結構，在C. kanehirae和假定的雜種中，只有紅色簇被分為黃色簇。虛線根據形態特徵和系統發育分析進行分類。

圖 5

NewHybrids 結果假定. ..

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NewHybrids 結果以及所有75 個人的假定譜系和後驗機率...

圖5 NewHybrids 結果以及所有75 個人的假定譜係以及後驗機率不同色條中給定類別的機率。