牛樟芝 cDNA 和 EST 分析的見解

摘要

記錄從牛樟芝（一種真菌）的 cDNA 和 EST 分析中收集到的見解是很有趣的。因此，使用標準程序建立和分析序列庫以獲得新的見解。因此，建構了65個EST，大小範圍為300-2000 bp。其中包括 46 個具有明確註釋的 EST，18 個假設的 EST，以及 1 個來自 BLAST 分析的新蛋白質。我們在這些序列中分配了 227 個與細胞組成、運輸、催化活性和調節功能相關的基因本體術語。此外，在京都基因和基因組百科全書的8個途徑中發現了56個匹配基因。數據也顯示，牛樟芝 EST 中存在 271 個 SSR，出現頻率為 96.82%。 STRING 數據分析顯示，29 個基因編碼的酵素高度參與與調節功能表現相關的蛋白質間相互作用。因此，我們記錄了牛樟芝cDNA 和EST 分析的一些見解，以便進一步的資料探勘。 97320630017109F1 .jpg" alt="圖 1" />

圖 1

總 RNA 電泳與…

圖 1

電泳A. cinnamomea 菌絲體的總RNA 和mRNA。

圖1 肉桂菌絲體總RNA和mRNA電泳圖。

圖2

身分與長度分析of…

圖2

一級(A, B) 和二級cDNA 文庫(C,… 的同一性與長度分析

圖2 一級(A , B) 的同一性和長度分析 ( A、B) 和二級cDNA 文庫(C、D)

圖 3

EST 長度分佈。

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EST 長度分佈。

圖3 EST長度分佈。

圖4

網路節點代表蛋白質：實驗上…

圖4

網路節點代表蛋白質：實驗確定（紫色）、基因鄰域（綠色）、基因融合（紅色），…

圖4 網絡節點代表蛋白質：實驗確定（紫色）、基因鄰域（綠色）、基因融合（紅色）、基因共現（藍色）、共表達（黑色）。